La mosquée se situe au sud-ouest du puits de Rûma à proximité de la vallée al-‘aqîq, au-dessus d’une colline un peu élevée. Elle se trouve à une distance de 5 kilomètres de la mosquée de Médine en direction du nord-ouest. La mosquée est appelée mosquée al-qiblatayn (les deux directions) car les compagnons, qu’Allah les agrée, y avaient prié dans deux directions durant une seule et même prière. Initialement, la direction de la prière était vers Jérusalem. Durant la deuxième année de l’hégire, le verset de changement de qibla fut alors révélé. Le messager de Dieu ﷺ envoya l’un des compagnons pour transmettre ce nouvel ordre divin dans toute la ville de Médine. Lorsque ce dernier arriva, la prière était déjà entamée; il fit son annonce et les fidèles se retournèrent immédiatement de la qibla vers la mosquée de Jérusalem (direction du nord) vers la nouvelle qibla en direction de la mosquée sainte de la Mecque (direction du sud).
Cette mosquée a été rénovée durant l’époque de ‘Omar Ibn ‘Abdel‘azîz (87-93 de l'hégire). La deuxième rénovation eut lieu à l’époque du calife ottoman Solimane le Magnifique en l’an 950 de l’hégire. Ensuite, la mosquée a été rénovée dans le cadre du projet de modernisation de la ville de Médine; la colline fut remplacée par une grande construction de deux étages. Dans le premier étage, se trouvent l’espace pour faire les ablutions, les entrepôts ainsi que les logements de l’imam et du muezzin. Quant au deuxième étage, il comprend une salle de prière de 1190 mètres carrés de superficie, une large terrasse de 400 mètres carrés réservée aux femmes qui donne sur la cour, un espace pour l’apprentissage du Coran ainsi qu’une cour intérieure plantée d’arbres. La mosquée al-qiblatayn fait partie des monuments principaux de la ville de Médine qui montrent l’originalité de l’architecture islamique dans la forme et dans le fond, et qui accueille les gens pour la prière.
La première prière accomplie dans la mosquée de Banû Salima (qui s’appelle aujourd’hui mosquée al-qiblatayn) après le changement de la qibla était la prière du ẓohr. La première prière effectuée à la mosquée de Qubâ en direction de la ka’ba était la prière du fajr. Al-Bukhâriyy rapporte selon le fils de ‘Omar : Pendant que les fidèles faisaient la prière du Ṣobḥ (matin) à Qubâ, on vit arriver un homme qui annonça : « La nuit dernière, des versets furent révélés à l’Envoyé de Dieu ﷺ, l’ordonnant de se tourner (pendant la prière) en direction de la ka’ba; tournez-vous donc vers cette direction». Les fidèles priaient en direction de Jérusalem se tournèrent aussitôt vers la direction de la ka’ba. Parmi les enseignements de jurisprudence que les savants ont tiré de cet événement : L’annonce faite par un seul fidèle peut-être acceptée Celui qui dirige la prière peut se situer derrière les autres fidèles quand cela est nécessaire
